1995年に海外仕様が新登場。
マーケットコードはZX600F1。
1997年にマイナーチェンジ。
マーケットコードはZX600F3。エンジン内を小変更。
1998年にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX600G1。フェイスリフトがあり2眼ライトを採用。79kW/65Nmへ出力アップ。リアタイヤが10mm太い170/60ZR17へ変更。6kg軽量化され176kgへ。2000年にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX600J1。外観もエンジンも一新。82kW/66Nmへ出力アップ。フロントタイヤが120/65ZR17へ。リアタイヤが10mm太い180/55ZR17へ。4kg軽量化され172kgへ。
2002年にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX636A1。メッキシリンダー採用によりボアが66mmから68mmへと拡大し排気量636ccになった。83kW/71Nmへ出力アップ。4kg軽量化され172kgへ。
2003年1月にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX636B1。初めてフューエルインジェクションを採用。87kW/67Nmへと出力アップ。9kgの軽量化で161kg。フロントフォークは倒立タイプとなり、フロントブレーキキャリパーはラジアルマウントになった。
2005年にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX636C1。カウルイメージも一新、外観上の大きな変更点は、センターアップエキゾーストとなり、マフラーがシートカウルの下に配置された。95.5kW/70.5Nmへと出力アップ。3kg重量増となり164kgへ。
2006年にカラーチェンジ。
マーケットコードはZX636C6F。
2007年にフルモデルチェンジ。

マーケットコードはZX600P7F。排気量が再び599ccに戻り、91.9kW/66Nmにダウン。フロントのブレーキキャリパーは、TOKICO製からニッシン製となり、リアサスは低/高速の2ウェイアジェスターを装備。フロントタイヤは、120/65-17から120/70-17に変更された。,乾燥重量167kg。
2008年にカラーチェンジ。
マーケットコードはZX600P8F。
2009年にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX600R。エンジンやフレームは、これまでのP型を踏襲、約10kgの軽量化やセッティング変更によるブラッシュアップ版。カウル形状は、ZX-10RのE型に似たものとなり、センターアップだったマフラーは、ショートタイプが右側面に配置される「マスの集中型」となった。94.1kW/66,7Nmへと出力アップ。
2010年にカラーチェンジ。
マーケットコードはZX600RAF。
2011年にカラーチェンジ。
マーケットコードはZX600RBF。
2012年にカラーチェンジ。
マーケットコードはZX600RCF。
2013年にフルモデルチェンジ。
マーケットコードはZX636EDF。ニンジャZX-6R ABSも新登場。
排気量を636ccに拡大。コードはZX636EDFとなった。ここからABS搭載車(ZX636FDF)も設定。2002年の636cc化は、ボアアップだったが、今回はピストンストロークアップ（42.5mmから45.1mmへ）でなされた。トラクションコントロールやパワーモード選択機能、アシスト＆スリッパークラッチを装備。1速ギアをショート化して、発進がより容易に。テールランプにLEDを採用。
2014年にカラーチェンジ。
コードは、Ninja ZX-6RがZX636EEF。マーケットコードは、Ninja ZX-6R ABSがZX636FEF。

2015年にカラーチェンジ。
コードは、Ninja ZX-6RがZX636EFF。マーケットコードは、Ninja ZX-6R ABSがZX636FFF。
2015年にSpecial Editionを発売。
コードは、Ninja ZX-6R Special EditionがZX636EFFA。マーケットコードは、Ninja ZX-6R Special Edition ABSがZX636FFFA。
2016年にカラーチェンジ。
コードは、Ninja ZX-6RがZX636EGF。マーケットコードは、Ninja ZX-6R ABSがZX636FGF。
2016年にKRT Editionを発売。
スーパーバイク世界選手権に参戦し（ニンジャZX-10R）、2015年にタイトルを獲得したカワサキレーシングチーム（KRT）の特別カラーモデル。マーケットコードは、Ninja ZX-6R KRT EditionがZX636EGFA。マーケットコードは、Ninja ZX-6R ABS KRT EditionがZX636FGFA。
2018年にフルモデルチェンジ。
排気量636ccの水冷4気筒エンジンは、欧州の排出ガス規制であるユーロ4に適合。トラクションコントロールやABSは継続装備され、新たにクイックシフターを搭載。外観イメージも一新。フロントカウル内に、電源ケーブルを新設。マーケットコードは、Ninja ZX-6R ABSがZX636GKF。
2018年12月1日に日本国内仕様が新登場。型式は、2BL-ZX636G
ニンジャZX-6Rに初の国内仕様モデルが登場。2018年にフルモデルチェンジされた2019年モデルの海外仕様のABSを搭載したG型が日本仕様として導入され、日本仕様には、ETC車載器が標準装備された。またアクセサリーへの電力供給を容易にするためにフロントカウルの後ろに電源供給ケーブルを設置。車体色は、「メタリックスパークブラック×メタリックフラットスパークブラック」の1色。また「Ninja ZX-6R KRT Edition」も同時に発売。スーパーバイク世界選手権で戦うNinja ZX-10RRと同イメージのカラーリングを採用。「Ninja ZX-6R KRT Edition」の車体色は、「ライムグリーン×エボニー」の1色。
2019年11月15日に「Ninja ZX-6R」の日本国内仕様をカラーチェンジ。また「Ninja ZX-6R KRT Edition」も同時に発売。
「Ninja ZX-6R」は、カラー＆グラフィックの変更のみで車体色は、「メタリックスパークブラック×メタリックフラットスパークブラック」の1色。「Ninja ZX-6R KRT Edition」の車体色は、「ライムグリーン×エボニー」の1色。
2020年8月1日に「Ninja ZX-6R」の日本国内仕様をカラーチェンジ。また「Ninja ZX-6R KRT Edition」も同時に発売。
「Ninja ZX-6R」は、カラー＆グラフィックの変更のみで車体色は、「パールクリスタルホワイト×パールストームグレー」の1色。「Ninja ZX-6R KRT Edition」の車体色は、「ライムグリーン×エボニー」の1色。

2022年1月14日に「Ninja ZX-6R」の日本国内仕様をカラーチェンジ。また「Ninja ZX-6R KRT Edition」も同時に発売。
「Ninja ZX-6R」は、カラー＆グラフィックの変更のみで車体色は、「メタリックマットグラフェンスチールグレー×メタリックディアブロブラック」の1色。「Ninja ZX-6R KRT Edition」の車体色は、「ライムグリーン×エボニー」の1色。
2022年10月1日に「Ninja ZX-6R KRT Edition」の日本国内仕様をカラーチェンジ。
車体色は、「ライムグリーン×エボニー」の1色。
2023年12月23日に「Ninja ZX-6R」と「Ninja ZX-6R KRT EDITION」と「Ninja ZX-6R 40th Anniversary Edition」の日本国内仕様をマイナーチェンジ。型式は、8BL-ZX636J
平成32年(令和2年)排ガス規制をクリアして、型式が8BL-ZX636Jに変更。スタイリングを一新。メーターはエンジン回転計も含めてフル液晶(フルカラー)に。インテグレーテッドライディングモードをはじめ、車体の電子制御系もアップデートされた。
車体色は、「Ninja ZX-6R」が2色(メタリックグラファイトグレー×メタリックディアブロブラック、メタリックフラットスパークブラック×エボニー)。「Ninja ZX-6R KRT EDITION」が1色(ライムグリーン×エボニー)。Ninja ZX-6R 40th Anniversary Edition「Ninja ZX-6R KRT EDITION」の車体デザインは、「Ninja ZX-10RR」をイメージしたカラーリングを採用。「Ninja ZX-6R 40th Anniversary Edition」が1色(ライムグリーン×パールクリスタルホワイト)。「Ninja ZX-6R 40th Anniversary Edition」は、1984年に登場したGPZ900Rこと、初代「ニンジャ」からデビュー40周年を記念した「ライムグリーン×ホワイト×ブルー」の3色レイヤの特別カラーモデル。モチーフは、1980年代の終わりから90年代初頭にかけてラインナップされたレーサーレプリカのZXRシリーズ。タンク上部には記念デカールが配され、フレームとスイングアームは90年代当時のようなシルバー。フォークのアウターチューブはゴールド仕上げ。
Ninja ZX-6Rの「型式2BL-ZX636G」と「型式8BL-ZX636J」の違いの比較はこちら。
2024年9月15日に「Ninja ZX-6R」と「Ninja ZX-6R KRT EDITION」の日本国内仕様をカラーチェンジ。
車体色は、「Ninja ZX-6R」は2色(パールロボティックホワイト×メタリックグラファイトグレー、エボニー×メタリックフラットスパークブラック)。「Ninja ZX-6R KRT EDITION」は1色(ライムグリーン×エボニー)。

1,562,000円(本体価格1,420,000円、消費税142,000円)
車体色
メタリックグラファイトグレー×メタリックディアブロブラック(GY1)、
メタリックフラットスパークブラック×エボニー(BK1)

KRTとは、スーパーバイク世界選手権に参戦するカワサキファクトリー（ワークス）チームの、カワサキ・レーシング・チームの頭文字。KRT EDITIONの車体デザインにはスーパーバイク世界選手権で戦うNinja ZX-10RRをイメージしたカラーリングを採用。Ninjaデザインのスタイリングと共に、よりアグレッシブな雰囲気を演出。車体性能や仕様は、標準モデルと同じの、カラーリングスペシャル。

1,562,000円(本体価格1,420,000円、消費税142,000円)
車体色　ライムグリーン×エボニー(GN1)

Ninjaシリーズ誕生40周年を記念した「40th Anniversary Edition」シリーズが登場。
Ninja ZX-6Rの他にも、ZX-10R、ZX-4RRにラインアップされた。
スタンダードモデルとの違いは、
1989年に登場したZXRシリーズに着想を得た、ライムグリーン、パールクリスタルホワイト、ブルーの3色によるアイコニックなカラーリング、
フューエルタンク上部にセットされたチャンピオンステッカーデザインの40周年記念デカール、
オリジナルデザインをもとにリニューアルされた「Ninja」ロゴ、
アンダーカウルに大きく配置された「Kawasaki」ロゴ
シルバー塗装仕上げのフレームとスイングアーム、
ライムグリーンに塗装された前後ホイール、
ゴールド塗装仕上げのフロントフォークアウターチューブ、
1989年のZXRシリーズのフォントでテールカウルにあしらわれたZX-6Rロゴ、
となっている。

1,595,000円(本体価格1,450,000円、消費税145,000円)
車体色　ライムグリーン×パールクリスタルホワイト(GN2)

Ninja ZX-6Rの買取相場