2019年3月15日に「CB650R」が新登場。型式は、2BL-RH03
コンパクトでダイナミックな「ネオ・スポーツ・カフェ」スタイルのネイキッドロードスポーツモデル。従来モデルの「CB650F」をベースに開発。エンジンは、水冷・4ストローク・DOHC・直列4気筒・649ccを搭載。「CB650F」から出力特性を変更して、よりパワフルになった。アシスト＆スリッパークラッチとセレクタブルトルクコントロールを搭載。灯火類は全てLEDを採用。車両重量は、202kg。車体色は、3色(キャンディークロモスフィアレッド、グラファイトブラック、マットベータシルバーメタリック)。
2021年1月28日にマイナーチェンジ。
シートカウルとリアフェンダーの形状を変更。フロントの倒立フォークに、ショーワのビッグピストン（SSF-BP）を採用。小回りやUターンを行いやすくするために、ハンドルバーの角度を増やした。メーターは、文字サイズを拡大しバックライトの照射角度を変更し、視認性を高めた。別売りの純正アクセサリーにUSBタイプCの充電ソケットを新たに設定。車体色は、3色(マットバリスティックブラックメタリック、キャンディークロモスフィアレッド、マットジーンズブルーメタリック)。フロントフェンダーを燃料タンクと同色にした。
CB650Rの2021年1月28日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2023年2月16日にマイナーチェンジ。型式は、8BL-RH03
平成32年（令和2年）排出ガス規制に適合し、型式が「8BL-RH03」に変更。車体色は、2色(マットバリスティックブラックメタリック、マットジーンズブルーメタリック)。「マットジーンズブルーメタリック」は、フロントフェンダー、シュラウド、リアサスペンションスプリング、リアフェンダーステーの配色を変更し、より上質感を追求。「マットバリスティックブラックメタリック」では、ハンドルパイプ、シュラウド、フロントフォークアウターチューブ、前後ホイール、シリンダーヘッドカバー及びクランクケースカバーなどをブラックに変更し、精悍な印象を際立たせた。
CB650Rの2023年2月16日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2024年4月25日にマイナーチェンジ。型式は、8BL-RH17
CB650Rのヘッドライト、シュラウド、リアカウル、テールランプ等のデザインを一新。豊富な情報を見やすく表示する5インチフルカラーTFTメーターを新たに採用。車両とスマートフォンを連携させられるHonda RoadSyncを標準装備。車体色は、1色(マットバリスティックブラックメタリック)。
2024年6月13日に「CB650R E-Clutch」をタイプ追加。
Honda E-Clutch搭載仕様をタイプ設定。クラッチコントロールを自動制御することで、ライダーの手動によるクラッチレバー操作を不要とした、「Honda E-Clutch（ホンダ イークラッチ）」を搭載する。車体色は、2色(パールディープマッドグレー、マットバリスティックブラックメタリック)。
CB650RとCB650R E-Clutchの違いの比較は、こちら。

CB650Rの買取相場