2009年6月15日に「YZF-R1」の国内仕様が新登場。型式は、EBL-RN24J
このモデルから初めて国内発売された。MotoGPマシン「YZR-M1」同様の「クロスプレーン型クランクシャフト」を備える水冷4ストローク並列4気筒F.I.エンジンを採用。車体色は、3色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、ブルーイッシュホワイトカクテル1、ブラックメタリックX)。
2011年4月15日にカラーチェンジ。
ディープパープリッシュブルーメタリックCにMotoGP用ファクトリーマシン「YZR-M1」のイメージのカラーとグラフィックを採用。継続色のブルーイッシュホワイトカクテル1をあわせた2色。
2012年2月28日に特別仕様の「YZF-R1 WGP50th Anniversary Edition」を発売。
新たにトラクション・コントロール・システムを採用した通常モデルに1ヶ月先駆けて、ロードレース世界選手権参戦50周年記念カラーを施し、120台限定で発売。車体色は、ブルーイッシュホワイトカクテル1。
2012年3月15日にマイナーチェンジ。
クロスプレーン型クランクシャフトエンジンに加え、トラクション・コントロール・システムを新たに採用。F.I.とECUのセッティングなどを変更し、ドライバビリティと燃費の向上を両立。他にも前後ボディデザインの刷新などがされた。車体色は、2色(ブルーイッシュホワイトカクテル1、ディープパープリッシュブルーメタリックC)。
YZF-R1の2012年3月15日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2013年1月30日にカラーチェンジ。
車体色は、2色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、ブルーイッシュホワイトカクテル1)。ディープパープリッシュブルーメタリックCのフロントカウルに新グラフィックを採用。フロントフェンダーはホワイトに。ホイールはホワイトのピンストライプ入りのブラックとした。
2014年1月27日にカラーチェンジ。
車体色は、2色。タンク部カラーとカウル部のグラフィックなどを変更し、「YZR-M1」とのリレーションイメージのディープパープリッシュブルーメタリックCと左右非対称のフロントグラフィックとレッドピンストライプ入りホイールを採用したブルーイッシュホワイトカクテル1。
2020年8月20日に「YZF-R1 ABS」が新登場。型式は、8BL-RN65J
約6年ぶりに日本市場へ投入された「YZF-R1」。基本仕様は同年式の海外モデルと同じ。最高出力200psの水冷4気筒997ccエンジンは、ユーロ5同等の国内規制(平成32年排出ガス規制)にも適合。
YZF-R1の2014年モデルと2020年モデルの違いの比較は、こちら。

2022年1月28日に「YZF-R1 ABS」をカラーチェンジ。
車体色は、2色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、ヤマハブラック)。
2022年2月28日に「YZF-R1 ABS WGP 60th Anniversary」を発売。
1980年の YZR500をモチーフとしたヤマハレーシング伝統のカラーリングにWGP参戦60周年記念エンブレム、ゴールドカラーのホイール、ブラック仕上げとしたブレーキレバー・クラッチレバーを採用。車体色は、シルキーホワイト。
2024年1月12日に「YZF-R1 ABS」をカラーチェンジ。
車体色は、2色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、ブラックメタリックX)。
2025年5月30日に「YZF-R1 ABS」をマイナーチェンジ。
主な変更点は、�@車体の安定性に寄与するウイングレット。�Aグリップとホールド性を向上させた新シート表皮の採用。�B緻密な減衰コントロールを可能にするSDF(Separate Damping force Function)機構搭載のKYB製新型フロントサスペンション。�Cコントロールフィーリングを高めたブレンボ製フロントブレーキ(モノブロックキャリパー「Stylema(R)」とラジアルマスターシリンダー)を採用。車体色は、2色(ディープパープリッシュブルーメタリックC、マットダークグレーメタリック6)。

YZF-R1の買取価格の相場