2016年4月15日に「XSR900」と「XSR900 60th Anniversary」が新登場。型式は、EBL-RN46J
XSR900は、MT-09とフレームやエンジン、前後サスの基本構造を共有するものの、レトロで普遍的なスタイリングを持ち、サスペンションセッティングやシート位置、ハンドル位置を変更し、MT-09と全く異なるフィーリングになるよう変更された。また、MT-09トレーサーに採用された2モードトラクションコントロールを3モードに変更し搭載。アシスト＆スリッパークラッチも搭載。また創業60周年記念カラーの「XSR900 60th Anniversary」も発売した。車両重量は、195kg。車体色は2色(マットグレーとブルー)。「60th Anniversary」は、「ライトレディッシュイエローソリッド1」（イエロー）
2016年12月15日に「XSR900」をカラーチェンジ。
車体色に新色の「ブラックメタリックX」(ブラック)を追加。従来色のマットグレーとブルーとあわせて全3色設定。
2017年11月6日に「XSR900 ABS」をカラーチェンジ。型式は、2BL-RN56J
新色「ビビッドレッドカクテル1」(レッド)を追加。継続色のブラックとマットグレーとあわせて全3色の設定。
XSR900の「EBL-RN46J」と「2BL-RN56J」の違いの比較は、こちら。
2019年3月28日に「XSR900 ABS」をカラーチェンジ。
新色「ダルパープリッシュブルーメタリック X」(ブルー)を追加。継続色のブラックとマットグレーとあわせて全3色の設定。
2020年2月25日に「XSR900 ABS」をマイナーチェンジ。
ポジションランプを追加したヘッドランプの採用。車体色は、新色のラジカルホワイト（ホワイト）と継続色のマットグレーメタリック3（マットグレー）の全2色の設定。
2022年6月30日に「XSR900 ABS」をフルモデルチェンジ。型式は、8BL-RN80J
ヤマハレーシングヘリテージを反映した新スタイルを採用。平成32年(令和2年)排出ガス規制をクリア。排気量が845ccから888ccにアップ。最新の鋳造技術を駆使した軽量新フレームと軽量ホイールを採用。クイックシフター(アップ/ダウン対応)とクルーズコントロール、新丸型LEDヘッドランプ、フルカラーTFTメーターなどを装備。車体色は、新色のラジカルホワイト（ホワイト）と新色2色(ブルーメタリックC、ブラックメタリックX)。
2024年5月20日に「XSR900 ABS」をカラーチェンジ。
車体色は、2色(シルキーホワイト(新色)、ブラックメタリックX)。
2024年5月20日に「XSR900GP ABS」をタイプ追加。型式は、8BL-RN96J

「XSR900 GP」は、「XSR900」をベースに開発、ロードレース世界最高峰でのYAMAHAの足跡とスピリッツを表現。ワインディングロードを心地よく駆け抜けることができる性能と、スポーティなハンドリングが特徴。「XSR900」からの追加装備・変更点は、�@80年代のGPファクトリーマシン「YZR500」をオマージュした新外装。�Aセパレートハンドル採用とライディングポジションの見直した。�B車体剛性チューニング。�C専用開発の前後サスペンション、コントロール性を高めたブレーキホース。�DYRC(ヤマハライドコントロール)や第3世代クイックシフターなどのライディングアシストテクノロジー。�Eスマホとつながる機能を備え、ナビ画面としても活用可能な5インチフルカラーTFTメーターやType-CのUSBソケット、操作性を向上させた新設計ハンドルスイッチ、新機能を搭載したフラッシャーなどの便利な機能。車体色は、2色(シルキーホワイト、パステルダークグレー)。
XSR900とXSR900GPの違いの比較は、こちら。

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