2003年11月27日に「CRF250R」が新登場。型式は、ME10
モトクロス競技専用車。車体色は、エクストリームレッドの1色。
2004年8月27日にマイナーチェンジ。
エンジン各部の変更し、低回転域から高回転域までの幅広い動力性能を向上。オイルマネージメントを見直しフリクションロスを低減させレスポンスとドライバビリティーを向上。シフトフォークやシフトフォークシャフトなど細部の見直し操作性が向上。フロントフォークアクスルオフセットの変更と足回りの軽量化を図り、軽快な操縦性と安定性を向上。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2004年8月27日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2005年11月25日にマイナーチェンジ。
デュアルマフラーを採用し、各部の熟成と併せ全域での出力アップと操縦安定性の大幅な向上を図った。2006年より施行されるFIM（国際モーターサイクリズム連盟）の排気管後方音規制に対応。シュラウドのグラフィックデザインを変更。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2005年11月25日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2006年9月20日にマイナーチェンジ。
フロントブレーキに大幅に重量を増加させること無く制動時のフィーリングと性能を向上させる、新設計のリンク式マスターシリンダーを採用。エンジンは、シリンダーヘッドの吸気、排気ポートの形状やキャブレターなどの熟成、エキゾーストパイプの管長短縮などにより、出力特性が向上。ラジエーターと燃料タンク左右側面のシュラウドステッカーデザインを変更。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2006年9月20日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2007年9月27日にマイナーチェンジ
「Honda プログレッシブ ステアリング ダンパー」を採用し、同時に前後サスペンションのセッティングを見直し、高次元での操縦安定性を実現。エンジンも各部の熟成を図り、低・中速と高速の伸び領域におけるドライバビリティーや耐久性を向上。車体色は、エクストリームレッドの1色。燃料タンク左右側面のシュラウドグラフィックにシルバーのストライプをあしらい、ゼッケンプレートのデザインを変更。
2008年10月14日にマイナーチェンジ。
エンジンと車体各部の熟成を図り、ドライバビリティーを向上。車体色は、エクストリームレッドの1色。また車体色にブラックカラーを採用した「CRF250R・ブラックエディション」を受注期間限定で発売。
CRF250Rの2008年10月14日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。

CRF250RとCRF250Rブラックエディションの違いの比較は、こちら。
2009年09月11日にフルモデルチェンジ。
バッテリーレスのPGM-FIを新たに採用。エンジンを新設計し小型、軽量、低重心化を図りながら、高出力でコントロール性に優れた扱いやすい出力特性を実現。フレームも新設計とし、小型軽量化するとともに高剛性化を達成。新設計のエンジンとフレームによってPGM-FIを新たに搭載しながらも2009年モデルより軽量化を実現。車体の低重心化とスイングアーム延長によるロングホイールベース化によって加速性能を向上。その他、前後サスペンションの設計変更やPGM-FI採用による燃費向上によって燃料タンクの小型化を果たし、ライダーが動きやすいスリムな車体デザインともあいまって、トータルで大幅な戦闘力の向上を実現。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2009年09月11日のフルモデルチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2010年11月09日にCRF250Rをマイナーチェンジ。
MFJの新車両レギュレーションに合わせた新設計のマフラーを採用。内部構造の変更と容量アップで更なる静粛性を。ステアリングダンパーのシリンダーを大径化し、前後サスのセッティングを変更。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2010年11月09日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2011年09月17日にマイナーチェンジ。
エンジン面でスロットルボディの小径化を図り、コネクティングチューブ、吸気ポート、排気ポート、エキゾーストバルブを形状変更。車体周りは、サスのチューニングやワイドフットペグの採用などが行われた。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2011年09月17日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2012年10月02日にマイナーチェンジ。
フロントフォークのダンパー部のピストン径のアップ、バネレートの変更、新パターンのフロントタイヤの採用。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2012年10月02日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2013年09月20日にフルモデルチェンジ。
新設計ピストンと燃焼室形状の採用、混合気の充填効率を高める吸気通路形状の最適化、低中速のパワー感とスロットルレスポンスを両立させる燃料噴射方式「デュアル・ステージ・フューエルインジェクション（1サイクル2度噴射制御）」の採用。ショートデュアルマフラーを採用。新型エキゾーストパイプも導入。第6世代の新設計アルミツインチューブフレームを採用。ヘッドパイプとメインパイプの結合部を下方に移動させ、ヘッドパイプまわりの剛性を最適化。リアクッション上部とメインパイプ、ピボットプレートを近づけて剛性を上げ、作動性を向上。リアフレーム上下パイプ間の角度を大きくし、各ガセット類の軽量化などが行われた。足周りは、新設計のスイングアームを採用。フロントフォークは従来モデルを熟成し新設計の車体に合わせてセッティング。スタイリングも進化させた。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2013年09月20日のフルモデルチェンジ前後の違いの比較は、こちら。

2014年09月19日にマイナーチェンジ。
フロントフォークにエアサスペンションを採用。左側のフォークに圧縮空気によるスプリング機構を、右側のフォークにはダンパー機構を備え、左右で機能を独立させたセパレート・ファンクション・フロントフォークとした。エンジンは、排気系とPGM-FIのセッティングを見直し、全回転域で優れたスロットルレスポンスを追求。路面状況に応じて、3種類のエンジン特性モードを手元で切り替えられるエンジンモードセレクトスイッチとインジケータを新たに採用。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2014年09月19日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2015年09月18日にマイナーチェンジ。
エンジンの出力向上を目的に吸排気系部品の素材変更も含めて見直し。PGM-FIのセッティングを最適化するなどし、エンジンの高回転域での出力向上とドライバビリティーを向上。フロントサスは、フォークの内部構造の見直し、アウターチューブに空気弁を追加。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2015年09月18日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2017年10月27日にフルモデルチェンジ。型式は、ME12
新設計のエンジンはDOHCに変更。ボア、ストロークの基本諸元の最適化、吸・排気ポートのストレート化に加え、2系統に独立した排気システムなどを採用し、エンジンの最高回転数と最高出力の向上。始動方式はキックスターター機構を廃止し、新たにセルフスターターと軽量コンパクトなリチウムイオンバッテリーを搭載あい、キックスタートの煩雑さをなくし、レース中の再始動におけるタイムロスの低減に寄与。メインフレームは剛性と柔軟性を高次元で両立させながら軽量化し、フューエルタンクを従来の樹脂製から、より軽量なチタン製へと変更。車体ディメンションの見直しなどで低重心化を図った。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの型式「ME10」と「ME12」の違いの比較は、こちら。
2018年09月10日に「CRF250R」をマイナーチェンジ。
「CRF250R」は、エンジンのカムプロフィールや吸・排気レイアウトを見直し、高回転高出力化を図り、低・中速域でも力強く扱いやすい特性とした。より安定したスタートを実現するため、エンジンの回転上昇を瞬時に制御する3段階のレベルが選択可能なローンチコントロールシステムを採用。車体は、トップブリッジにハンドルホルダーの取り付け孔を前後2ヵ所配置し、ハンドルホルダーのハンドル受け部を偏心させ、4通りのハンドル位置が選択可能に。車体色は、エクストリームレッドの1色。ホイールリムをブラックに変更。
CRF250Rの2018年09月10日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2019年08月30日に「CRF250R」をマイナーチェンジ。
シリンダーヘッド、ピストン、カムシャフトのエンジン主要部品とエキゾーストパイプを新設計、またエアフィルタを大型化し、高回転域の出力を向上と低回転域でのトルクが向上した。ギアレシオを最適化し、ギアポジションごとに最適な燃料噴射のセッティングを施し、より扱いやすく、力強い走行フィーリングを実現。車体は、フレームとスイングアームの剛性と前後サスペンションのセッティングを最適化し、優れたハンドリング性能を追求。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2019年08月30日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2021年10月21日に「CRF250R」をフルモデルチェンジ。

新しいフレームは、構造の簡略化と剛性の最適化を受け、フレーム単体で1kgの軽量化。エンジン関連は、バルブの開閉タイミング変更やエアクリーナー容量の増加により、低回転域のトルク向上を図った。約15年ぶりに1本出しマフラーを採用。受注期間限定発売。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2021年8月27日のフルモデルチェンジ前後の違いの比較は、こちら。
2022年10月13日に「CRF250R」をカラーチェンジ。
ラジエーターシュラウド側面のグラフィックデザインを変更。車体色は、エクストリームレッドの1色。
2024年8月29日に「CRF250R」をマイナーチェンジ。
メインフレームの70%を新設計し、リアフレームとの締結部を見直した。前後サスペンション構造の見直し、新設計のフロントブレーキキャリパー採用などの変更もあった。新たに、Hondaセレクタブルトルク コントロール(トラクションコントロール)を搭載。車体色は、エクストリームレッドの1色。
CRF250Rの2024年8月29日のマイナーチェンジ前後の違いの比較は、こちら。

CRF250Rの買取価格の相場