1986年7月15日にCBR400Rが新登場。型式は、NC23。
「CBR400R」は、水冷4サイクルDOHC直列4気筒エンジンを搭載し、フルカウルを装着したスーパースポーツバイク。車両重量は、184kg。車体色は、シャスタホワイト/ファイティングレッド。
1986年9月にカラーを追加。
車体色にシャスタホワイト/ミクロネシアンブルーメタリックを追加して2色の設定となった。
1987年4月にカラーチェンジ。
車体色は、ブラックのみ。
2013年4月23日にCBR400Rが新登場。型式は、EBL-NC47。
「CBR400R」「CB400F」「400X」で新開発のエンジンと車体を共用。エンジンは、NC47E型水冷4ストローク4バルブDOHC直列2気筒を搭載。CBR400Rは、フルカウル仕様で少し低めのセパハンを採用。ABSをタイプも設定。車体色は、どちらも3色(グラファイトブラック、ヴィクトリーレッド、ロスホワイト)の設定。車体組立は、熊本製作所。
2016年2月26日に「CBR400R」と「CBR400R＜ABS＞」をマイナーチェンジ。型式は、2BL-NC47。
CBRシリーズのフラッグシップモデル「CBR1000RR」のDNAを受け継ぐ、スピード感を強調した外観にリニューアル。被視認性に優れる新設計のLEDデュアルヘッドライトとテールランプを採用。前方にスラントさせたフロントカウルから跳ね上げたリアカウルまでエッジの効いたキャラクターラインにより個性的なフォルムに。車体色は、どちらも3色(グラファイトブラック、ヴィクトリーレッド、ロスホワイト)の設定。
CBR400Rの「型式 EBL-NC47」と「型式 2BL-NC47」の違いの比較は、こちら。
2017年4月7日に「CBR400R」と「CBR400R＜ABS＞」をカラーチェンジ。
車体色は、どちらも3色(グラファイトブラック、ヴィクトリーレッド、パールグレアホワイト)の設定。
2018年4月20日に「CBR400R」のマイナーチェンジ。
カラーチェンジされ、ABSが標準装備となった。車体色は、3色(グラファイトブラック、グランプリレッド、パールグレアホワイト)の設定。
2019年3月22日に「CBR400R」をマイナーチェンジ。型式は、2BL-NC56。

外装を一新。セパレートハンドルの位置がトップブリッジ上から下側となり、ポジションがよりスポーティに。エンジンは、バルブのタイミングとリフト量などを最適化。新たにアシストスリッパークラッチを採用。急ブレーキでハザードランプを高速点滅させる「エマージェンシーストップシグナル」を装備。ウインカーがLEDとなり、メーターにギアポジション表示を追加。車体色は、3色(グランプリレッド、マットアクシスグレーメタリック、パールグレアホワイト)の設定。
CBR400Rの「型式 2BL-NC47」と「型式 2BL-NC56」の違いの比較は、こちら。
2020年7月31日に「CBR400R」をカラーチェンジ。
CBR1000RR-Rと共通の「CBR」ロゴデザインを採用。車体色は、3色(グランプリレッド、マットアクシスグレーメタリック、パールグレアホワイト)。
2022年1月17日に「CBR400R」をマイナーチェンジ。型式は、8BL-NC56。
平成32年（令和2年）排出ガス規制に適合。フロントフォークは、路面追従性に優れ、上質な乗り心地を提供するSHOWA（日立 Astemo 株式会社）製SFF-BP（セパレート・ファンクション・フロントフォーク・ビッグピストン）を採用。フロントブレーキがシングルディスクからダブルディスクに変更。フロントブレーキにラジアルマウントキャリパーを採用。スイングアームの剛性最適化やフロントホイールデザインを一新して軽量化しバネ下荷重を低減。車体色は、3色(グランプリレッド、マットバリスティック ブラックメタリック、マットジーンズブルーメタリック)の設定。
CBR400Rの「型式 2BL-NC56」と「型式 8BL-NC56」の違いの比較は、こちら。
2024年3月21日に「CBR400R」をマイナーチェンジ。型式は、8BL-NC65。
新形状のカウル、ヘッドライト、テールランプを採用し、外観を一新。Hondaセレクタブルトルクコントロールを新たに搭載。豊富な情報を見やすく表示する5インチフルカラーTFTメーターを新採用。車両とスマートフォンを連携させられるHonda RoadSyncを標準装備。車体色は、2色(グランプリレッド、マットバリスティックブラックメタリック)の設定。

CBR400Rの買取相場