1999年に新登場。
GSX1300R Hayabusaの車名で発表。
2000年にマイナーチェンジ。
インジェクションセッティングや燃料系の目詰まり対策を施した。
2001年にマイナーチェンジ。
速度規制の対応で300km/hリミッターを装着、スピードメーター表示は280km/hまでとなった。これまで外付けだったフューエルポンプがガソリンタンク内蔵に。
2002年にマイナーチェンジ。
エキパイの黒塗装を廃止。排気系内部にO2フィードバッグ機構を装備。
2003年にカラーチェンジ。
フロントサスの倒立フォークにチタンコートを施し、キャリパーが黒から金になるなど足回りの色を変更。
2004年にカラーチェンジ。
2005年にバッテリー負担を軽減するセルモータ稼動時にヘッドライトを自動で消灯する機能が追加、タンクロゴがSUZUKIからSのエンブレムへ変更、ウインカーレンズがクリアタイプに変更などのマイナーチェンジ。
2006年に限定仕様が発売。
2007年にカラーチェンジ。
2008年にフルモデルチェンジ。
2代目のハヤブサ。エンジンのストロークが2mm延長、排気量が1,299cc→1,340ccに。最高出力が175ps→197psに。SDTV (Suzuki Dual Throttle Valve)、ツインフューエルインジェクター、チタン製吸排気バルブやエンジン制御マップを切り替えられるS-DMSも新たに導入。サイレンサーは特徴的なトライアングル形状となり、フロントブレーキがラジアルマウントとなり、車体も各部改良された。

2009年にカラーチェンジ。
2010年にカラーチェンジ。
2011年にカラーチェンジ。
2012年にカラーチェンジ。
2013年にブレンボ製フロントブレーキキャリパー、ABSを装備などのマイナーチェンジ。
2014年2月10日に日本仕様が発売。型式は、EBL-GX72B
平成26年騒音規制が施行され、騒音の数値基準が欧州と同等になったことから欧州仕様車の正規発売が可能に。、2014年2月10日から日本国内でも正式に発売。車両は2013年の欧州モデルと同一のスペックで、エンジン出力は日本メーカーが正規で発売する車両としては最大の197PS。なお日本向け仕様としてETCが国内二輪車としては初めて標準装備された。日本国内での車名は 隼（ハヤブサ）。
2015年2月18日にカラーチェンジ。
2016年2月24日にカラーチェンジ。
2017年2月27日にカラーチェンジ。
日本での販売が終了。
2021年4月7日にフルモデルチェンジ。型式は、8BL-EJ11A
4年ぶりに国内ラインナップへの復帰。排気量1,339ccの並列4気筒エンジンは、81mm×65ミリのボア・ストロークもそのままながら、平成32年（令和2年）国内排出ガス規制に適合。スタイリングは、初代、二代目と続いた「ハヤブサらしい」造形を受け継いだ。車体制御やライダーサポートのためのさまざまな電子デバイスを搭載。車体色は、標準色3色(マットソードシルバーメタリック×キャンディダーリングレッド、グラススパークルブラック×キャンディバーントゴールド、ブリリアントホワイト×マットステラブルーメタリック)と、外装カウル3色・外装アクセントカラー3色・ホイール3色を指定できるカラーオーダープランも用意された。
2022年6月28日にカラーチェンジ。
車体色は、3色(サンダーグレーメタリック×キャンディダーリングレッド、ブリリアントホワイト×パールビガーブルー、グラススパークルブラック×マットブラックメタリックNo.2)。
2023年7月3日にハヤブサの25周年記念モデルの「HAYABUSA 25th Anniversary Model

」を発売。
オレンジを基調とした特別カラーに、タンク上の記念エンブレム、マフラー(サイレンサー)への刻印などの特別な仕様。欧州向けに装備されたシングルシートカバーは、日本仕様では装備されず。国内300台限定。予約注文制で初回の予約期間は、2023年7月3日から2023年7月10日まで。
2024年11月22日にカラーチェンジ。
マットグリーンベースに黒のアクセントカラー、シルバーに青のアクセント、黒にチタンのアクセントの3色がラインナップされ、それぞれに、アクセントカラーとホイール色を変更するカラーオーダープランが設定された。車体色は、3色(マットスティールグリーンメタリック×グラススパークルブラック、ミスティックシルバーメタリック×パールビガーブルー、グラススパークルブラック×マットチタニウムシルバーメタリック)。
2025年12月24日にマイナーチェンジ。また特別仕様の「HAYABUSA Special Color」を発売。
主な変更点は、カラーリングを変更。リチウムイオンバッテリーの採用。車載式故障診断装置（OBD-II）の監視要件のうち触媒劣化に対応。「HAYABUSA Special Color」は、特別色の青 「パールビガーブルー」（YKY）を設定。英国市場では「スペシャルエディション」としてラインナップされた。今回のモデルではカラーリングを変更し、ツートーンカラーを採用。車体色は、標準色が3色(ブリリアントホワイト×パールビガーブルー、ギャラクシーグレーメタリック×キャンディバーントゴールド、グラススパークルブラック×キャンディダーリングレッド)。特別色が1色(パールビガーブルー)。

隼(GSX1300Rハヤブサ)の買取相場